运输合同纠纷诉讼时效是三年，法律另有规定的，依照其规定。
根据2021年实施的《民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起起算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。法律依据：《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
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其次，法律法规对各种货物运输合同诉讼时效的起算规定得也很复杂。如航空货物运输的诉讼时效是自民用航空器到达目的地点、应当到达目的地点或者运输终止之日起计算；内水货物运输的诉讼时效自承运人交付或者应当交付货物之日起计算。
另外，法律法规可能对 诉讼时效中断 有更为严格的规定。总之实践中确定具体货物运输合同的诉讼时效是非常复杂的，这为 合同当事人 带来多重法律风险。法律依据：
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